Liga pentru Apărarea Drepturilor Omului din Moldova (LADOM) a întocmit primul Raport de monitorizare a procesului electoral pentru alegerea Guvernatorului Găgăuziei (perioada 4–28 octombrie 2006). Raportul enunţă evoluţii pozitive:
- adoptarea Regulamentului despre reflectarea în mijloacele de informare în masă a campaniei electorale pentru alegerea Guvernatorului Găgăuziei;
- dialogul deschis şi constructiv stabilit între Comisia Electorală Centrală din Comrat şi societatea civilă.
Aspectele negative în desfăşurarea procesului electoral vizează:
- statutul juridic neclar al legilor locale şi unele neconcordanţe ale acestora cu prevederile Codului Electoral al Republicii Moldova;
- implicarea nejustificată a autorităţilor publice centrale în procesul electoral;
- utilizarea de către Guvernatorul în exerciţiu a pîrghiilor administrative pentru obţinerea unor avantaje electorale;
- transparenţa redusă a organelor electorale;
- lipsa de transparenţă a finanţării concurenţilor;
- lipsa de condiţii egale pentru toţi concurenţii electorali.
Recomandările din Raportul LADOM vizează activitatea CEC a Găgăuziei şi a autorităţilor regionale; respectarea de către concurenţi a legislaţiei electorale; informarea obiectivă şi amplă a opiniei publice de către mass-media.
Asociaţia Presei Independente a elaborat primul Raport despre Monitorizarea mass-media în campania electorală pentru alegerea Guvernatorului Găgăuziei (9–25 octombrie 2006). Conform concluziilor generale, în mass-media se manifestă o tendinţă de favorizare a actualului Başkan, Gheorghe Tabunşcic, fără a se atesta însă cazuri de defavorizare directă a altor candidaţi. În perioada analizată, la posturile Radio şi TV supuse monitorizării au lipsit emisiunile electorale speciale.
Coaliţia “Iniţiativa civică din Gagauzia” constată că prin Hotărîrea nr.8 din 13.10.2006 Comisia Electorală Centrală din Găgăuzia a decis crearea circumscripţiilor şi consiliilor electorale ale acestora în graniţele teritoriale ale raioanelor din autonomie (unităţi administrativ-teritoriale de nivelul II al autonomiei), spre deosebire de situaţia alegerilor din 1995, 1999, 2002 şi 2003, cînd circumscripţiile electorale erau create în teritoriul unităţilor administrativ-teritoriale de nivelul I din autonomie. Organizaţiile-membre ale Coaliţiei consideră că această modificare poate crea dificultăţi la prelucrarea rezultatelor alegerilor şi va genera cheltuieli suplimentare pentru desfăşurarea scrutinului.